Histochemické (ev. cytochemické) metody slouží ke kvalitativnímu, kvantitativnímu a topickému průkazu chemických látek ve tkáních a buňkách živočichů a rostlin. Mnohé z nich se používají již dlouhá desetiletí, takže je dnes řadíme mezi "klasické" (např. průkaz anorganických látek, glykogenu, lipidů atd.). Během doby byla vypracována histochemická systematika kvalitativního průkazu sacharidů, lipidů, bílkovin, enzymů, nukleových kyselin, pigmentů, organických sloučenin a anorganických prvků. K tomu dále přibyl vysoce specializovaný úsek kvantitativní cyto-histochemie. V současné době je rozpracována obzvláště oblast imunohistochemie a enzymové histochemie. Vztah histochemie k biochemii  je velmi úzký. Biochemie vládne metodicky daleko přesnějšími, zejména kvantitativními postupy, ale její možnosti spočívají v analýze značně heterogenních tkáňových a buněčných homogenátů, tedy v analýze "extra situm". Naproti tomu cyto-histochemie zkoumá chemické látky v kontextu s jejich základní strukturální topikou v buňce či tkáni (analýza "in situ" - tzv. histotopochemie). Oba přístupy se tedy nevylučují, nýbrž vhodně doplňují.

Na příkladu enzymově-histochemické metodiky uvedeme pracovní způsob v cyto-histochemii.

K histochemickému průkazu enzymů slouží celá řada metod s cílem přesné lokalizace enzymové aktivity "in situ". Výsledek metody by měl být nezávislý na způsobu zpracování, i když v praxi je tento požadavek obtížným problémem. Principem průkazních metod k detekci enzymů je reakce produktu vzniklého působením enzymů na substrát a jeho vizualizace různými způsoby, např. redoxními indikátory či srážecími reakcemi s kationty těžkých kovů, metodami azokopulačními a indigogenními. Z biochemicky dosud prokázaných enzymů lze histochemicky detekovat jen asi jednu desetinu. Průkaz aktivity enzymů v topickém vztahu blízkém podmínkám "in vivo" vyžaduje použití speciálních technik (mrazení, mrazová sublimace, kryostatové řezy apod.). Obecně jsou tyto techniky mnohem šetrnější, než běžné zalévání do parafínu, a omezují difúzi enzymů ze struktur, na něž jsou vázány.

Větší část popsaných histochemických metodik proniká dnes do rutinní diagnostické praxe  a stala se značným přínosem pro zdokonalení diagnostiky v patologii, hematologii a řadě dalších morfologických oborů.

Fotogalerie

	Průkaz alkalické fosfatázy v kutikulární membráně enterocytů z bioptického vzorku střevní sliznice. Výsledné azobarvivo konturuje povrchový reliéf klků. Azopulační reakce. Mikroskop AMPLIVAL ZEISS Jena. Zvětšení 180x. (R. Koďousek)
	Průkaz cytokeratinu v epitelu alveolu lidské mléčné žlázy. Nepřímá imunoperoxidázová technika s využitím monoklonální protilátky. FOTOMIKROSKOP ICM 405 OPTON. Zvětšení 400x. (J. Bártek)
	Adiaspora houby Chrysosporium parvum var. crescens - původce adiaspiromykózy. Nativní preparát, agarová kultura. Azokopulační reakce na průkaz kyselé fosfatázy. Mikroskop ZEISS NfPK. Zvětšení 1035x. (R. Koďousek, M. Hejtmánek)